Ə.Muxtarlının şikayətləri iki dövlətə – Azərbaycana və Gürcüstana qarşıdır. Onu məhkəmədə Azərbaycandan və Gürcüstandan olan vəkillər qrupu təmsil edir.
Arannews-AİHM-in məlumatında Ə.Muxtarlının araşdırmaçı jurnalist olduğu, Bakıda hökumət əleyhonə keçirilən aksiyalarda dəfələrlə saxlanıldığı vurğulanır. Onun 2017-ci il mayın 29-da başına gələn olaylardan, Tbilsidən Azərbaycan sərhəddinə, ardından Bakıya gətirilib, həbs olunmasından bəhs edilir.Avropa Məhkıməsinin araşdırmağa başladığı iş Ə.Muxtarlının həbs olunmasının bir neçə epizodu ilə bağlıdır.Bu epizodlarda söhbət jurnalistin məhkəməyə qədər həbsinin, üzərində axtarış aparılmasının, telefon bilgilərinə müdaxilə edilməsinin qanunsuz olmasından, Gürcüstanda qaçırılmasından və qeyri-insanı rəftara məruz qalmasından gedir.Ə.Muxtarlının Gürcüstandan olan vəkilləri AİHM-ə şikayətlərində bildirirblər ki, jurnalistə münasibətdə Avropa Konvensiyasının 1-ci (İnsan hüquqlarına hörmət olunması öhdəliyi), 3-cü (İşgəncələrin qadağan olunması), 5-ci (Azadlıq və toxunulmazlıq hüququ), 6-cı (Ədalətli məhkəmə araşdırması hüququ), 8-ci (Şəxsi həyata hörmət hüququ), 10-cu (İfadə azadlığı), 13-cü (Səmərəli hüquqi müdafiə vasitələri hüququ) və 18-ci (Hüquqlarla bağlı məhdudiyyətlərdən istifadənin hədləri) maddələri pozulub.Gürcü vəkillər həmçinin Konvensiyanın 4 saylı Protokolunun 2-ci (Hərəkət azadlığı), 7 saylı Protokolun 1-ci (Əcnəbilərin çıxarılması təminatları) və 12 saylı Protokolun 1-ci (Ayrı-seçkiliyin yasaqlanması) maddələrinin pozuntusuna yol verildiyini iddia edirlər.Jurnalistin azərbaycanlı vəkillər isə Azərbaycanda Ə.Muxtarlıya münasibətdə Konvensiyanın 1-ci, 5-ci, 6-cı, 10-cu, 18-ci maddələrinin pozulduğunu iddia ediblər.AİHM şikayətlərdəki iddiaları aydınlaşdırmaq üçün Gürcüstan və Azərbaycan hökumətlərinə, eləcə də jurnalistin vəkillərinə ümumilikdə 12 sual göndərib.Həmin sualların 6-nı Gürcüstan hökuməti və ərizəçinin vəkilləri, 4-nü Azərbaycan hökuməti və ərizəçinin vəkillər cavablamalıdır. Məhkəmə həmçinin Azərbaycan və Gürcüstan hökumətinin hər birinin cavablamalı olduğu daha 2 sual göndərib.Mayın 30-da göndərildiyi bildirilən suallara 3 ay ərzində cavab verilməlidir.Gürcüstandan oturum izni almış Ə.Muxtarlı 2017-ci il mayın 29-da Tbilisidən müəmmalı şəkildə Azərbaycana gətirilib. Jurnalistin özü Tbilisidə oğurlandığını, başına torba keçirildiyini, işgəncəyə məruz qaldığını, zorla Azərbaycana gətirildiyini və sərhəddən keçirilərkən cibinə 10 min avro qoyulduğunu bildirib.Ona qarşı Cinayət Məcəlləsinin 315 (güc tətbiq etməklə hakimiyyət nümayəndəsinə müqavimət göstərmək), 318.1 (sərhədi qanunsuz keçmək) və 206.1 (qaçaqmalçılıq) maddələri ilə cinayət işi qaldırılıb. İttihamda iddia olunur ki, jurnalist sərhədi qanunsuz keçərkən onu saxlayan hərbçilərə müqavimət göstərib, birinə xəsarət yetirib, üzərindən də 10 min avro pul çıxıb.Ə.Muxtarlı ittihamları rədd edərək, həbsini “siyasi sifariş” adlandırıb.Bakıdakı rəsmi qurumlar isə onun sərhədi keçərkən Azərbaycan ərazisində saxlanıldığını, bu zaman hüquq-mühafizə əməkdaşlarına müqavimət göstərdiyini bəyan ediblər.